Либеральные реформы, осуществленные Бенито Хуаресом (1806-1872), представляли собой вторую подлинную революцию в истории Мексики. В своей деятельности Хуарес опирался на идеологов среднего класса - адвокатов, журналистов, интеллектуалов, мелких предпринимателей, стремившихся создать демократическую федеративную республику, покончить с привилегиями духовенства и военных, обеспечить экономическое процветание государства, перераспределив колоссальные богатства церкви, и, самое главное, создать класс мелких собственников, которые смогут противостоять засилью крупных землевладельцев и составить костяк демократического общества. По сути дела, это была буржуазная революция, осуществленная метисами.
На посту министра юстиции Хуарес провел реформы 1855 и 1856. Из них важнейшими стали т.н. “закон Хуареса”, отменявший судебные привилегии военных и духовенства, и “закон Лердо”, который лишал церковь права владения землей и недвижимым имуществом, за исключением культовых сооружений и жилищ монахов. Закон передавал в аренду земельные поместья гражданских корпораций, что, несмотря на сопротивление Хуареса, было использовано для захвата индейских общинных земель, особенно позже, в эпоху диктатуры П.Диаса.
Венцом реформаторской деятельности либералов стало принятие прогрессивной конституции 1857, которая вызвала трехлетнюю кровопролитную гражданскую войну. В этой войне США поддерживали Хуареса, ставшего президентом Мексики в 1858. Англия, Франция и Испания покровительствовали оппозиционерам, которые в конце концов потерпели поражение. Во время войны Хуарес принял пакет т.н. “законов о реформе”, провозглашавших отделение церкви от государства и национализацию церковного имущества, вводивших гражданский брак и др. Впоследствии, в начале 1870-х годов, эти законы были введены в конституцию.
Главную проблему правительства Хуареса составляли иностранные долги. После того как в июле 1861 мексиканский конгресс объявил о приостановке на два года платежей по иностранным долгам, представители Англии, Франции и Испании подписали в Лондоне конвенцию о вооруженной интервенции в Мексику. В начале 1862 соединенные силы трех государств оккупировали важнейшие мексиканские порты с целью собрать таможенные сборы и возместить понесенный ущерб. США в это время были поглощены гражданской войной и не имели возможности применить на практике доктрину Монро. Испания и Англия вскоре вывели свои войска из Мексики, Наполеон Ш двинул экспедиционный корпус на столицу. Французы были разбиты в битве при Пуэбло 5 мая 1862 (эта дата стала в Мексике национальным праздником). Однако на следующий год французы усилили свою армию, взяли столицу и при поддержке мексиканских консерваторов после маскарадного плебисцита посадили на трон Максимилиана Габсбурга.
Император не стал отменять “законы о реформе”, чем отдалил от себя консерваторов, и в то же время, несмотря на все попытки, не смог достичь компромисса с оппозицией либералов во главе с Хуаресом. В 1866 Наполеон III вывел войска из Мексики, имея более амбициозные планы в Европе и к тому же опасаясь вмешательства США и роста мексиканского сопротивления. Неизбежная развязка не замедлила себя ждать: в 1867 Максимилиан был разбит, пленен, осужден и расстрелян.