Независимость сама по себе еще не обеспечивала консолидации нации и формирования новых политических институтов. Кастово-иерархическая структура общества сохранилась в прежнем виде, если не считать того, что креолы сменили испанцев на верхушке социальной пирамиды. Развитию новых общественных отношений препятствовали церковь с ее привилегиями, армейское командование и крупные латифундисты, продолжавшие расширять свои поместья за счет индейских земель. Экономика по своему характеру оставалась колониальной: она была целиком ориентирована на производство продуктов питания и добычу драгоценных металлов. Поэтому многие события мексиканской истории можно рассматривать как попытки преодолеть гнет колониального наследия, консолидировать нацию и обрести полную самостоятельность.
Из освободительной войны Мексика вышла сильно ослабленной - с пустой казной, разрушенной экономикой, прерванными торговыми связями с Испанией, непомерно раздутыми бюрократическим аппаратом и армией. Скорейшему решению этих проблем препятствовала внутриполитическая нестабильность.
После объявления независимости Мексики было сформировано временное правительство, но в мае 1822 Итурбиде совершил государственный переворот и короновал себя императором под именем Августина I. В начале декабря 1822 командующий гарнизоном Веракруса Антонио Лопес де Санта-Ана (1794-1876) поднял мятеж и провозгласил республику. Вскоре он объединил силы с повстанцами Герреры и Виктории и в марте 1823 вынудил Итурбиде отречься от престола и эмигрировать. Учредительный конгресс, созванный в ноябре того же года, состоял из враждующих лагерей либералов и консерваторов. В результате была принята компромиссная конституция: по настоянию либералов Мексика объявлялась федеративной республикой наподобие США, тогда как консерваторы сумели утвердить статус католической религии как официальной и единственно дозволенной в стране и сохранить различного рода привилегии духовенства и военных, включая их неподвластность гражданскому суду.
Первым законно избранным президентом Мексики стал М.Гуадалупе Виктория (1824-1828). В 1827 консерваторы подняли мятеж, но потерпели поражение. В 1829 президентом стал кандидат от либеральной партии Висенте Герреро, отменивший рабовладение и отразивший последнюю попытку Испании восстановить свою власть в бывшей колонии. Герреро продержался у власти меньше года и был свергнут консерваторами в декабре 1829. Либералы ответили противникам очередным государственным переворотом и в 1833 передали власть Санта-Ане.
Этот типичный латиноамериканский каудильо (вождь, диктатор) пять раз переизбирался на президентском посту и правил страной сам либо через подставных лиц в течение 22 лет. Он обеспечил стране внутриполитическую стабильность и экономический подъем, сопровождавшийся расширением среднего класса. Однако внешняя политика Санта-Аны привела страну к национальной катастрофе. В войне с США Мексика потеряла почти две трети своей территории - нынешние североамериканские штаты Аризона, Калифорния, Колорадо, Невада, Нью-Мексико, Техас и Юта.
Территориальные притязания США к Мексике обозначились еще в самом начале 19 в., угрожающий характер они приняли в конце 1820-х, когда североамериканские переселенцы стали во множестве проникать в Техас. Колонисты испытывали острую нехватку рабочей силы на своих плантациях и стремились легализовать работорговлю. С этой целью в 1836 техасцы отделились от Мексики и провозгласили Техас независимой республикой, которую в 1837 признали США. В 1845 североамериканский конгресс принял резолюцию о включении Техаса в состав США в качестве рабовладельческого штата, а на следующий год в ответ на протесты Мексики объявил ей войну. Санта-Ана терпел одно поражение за другим, пока в сентябре 1847 не сдал столицу и не подписал акт о капитуляции.
По навязанному победителями мирному договору Гуадалупе-Идальго, (1848) Мексика отдавала США свои северные провинции. Это поражение имело катастрофические последствия для мексиканской экономики, не говоря о тяжелом моральном наследии в отношениях между соседними странами. Но на этом территориальные потери Мексики не закончились. В 1853 Санта-Ана, вновь вернувшийся к власти, продал США по договору Гадсдена долину Месилья. В 1854 губернатор штата Герреро Хуан Альварес и начальник таможни Игнасио Комонфорт подняли мятеж и выступили в городке Аютла (соврем. Аютла-де-лос-Либес) с призывом к свержению диктатуры Санта-Аны. Мятеж быстро перерос в революцию, и в 1855 диктатор был изгнан из страны.